Kad većina ljudi misli na GIS, oni zapravo misle na programski dio GIS-a koji se pokreće na računaru. Izbor programskog dijela GIS-a i tehničkog dijela (hardware) na kojem se pokreću programi vrlo je važan, a pogreške mogu biti skupe. Odabir ovih alata bio je jednostavan. Bilo je nekoliko prodavača GIS programa, a tehnički dio koji je potreban za njihovo pokretanje bio je moćan, često specijaliziran i vrlo skup.
Programska podrška je nudila mnogo razina funkcionalnosti, bila je vrlo složena i uglavnom neprijateljska prema korisnicima. Nedavno se tržište dramatično promijenilo. Sada postoji velik opseg programa koji su označeni kao GIS i koji su raspoloživi za skoro svaku računarsku platformu. GIS se podijelio u dva dijela: high-end GIS i GIS paket za stonu izradu mapa. High-end GIS je proizvod prvih GIS-ovih programa. To su vrlo moćni, potpuno funkcionalni GIS--ovi skupovi alata koji uglavnom trebaju jake radne stanice čija je osnova UNIX. Oni pružaju sve funkcije potrebne za većinu aplikacija. Alat za unos podataka, na primjer, pruža mogućnost za unos podataka iz postojećih papirnih mapa i zapisa, iz postojećih digitalnih podataka i primarnih metoda skupljanja podataka kao što su geodetsko mjerenje i GPS. Ovi sistemi također preuzimaju na sebe upravljanje vrlo velikim bazama podataka, gdje mnogi korisnici rade pojedinačne izmjene. To je vrlo složen proces, čak i s prikladnim alatima. Efikasna pohrana složenih skupova prostornih podataka još je jedan problem koji zahtijeva specijalne programske alate; posebno osnovne alate za arhiviranje podataka. Analiza geografskih informacija na high-end GIS-u proteže se od jednostavnog ispitivanja skupa podataka pa do kreiranja spremnika (buffer) i kombinacije skupova podataka kojima bi se kreirao model okoline. Dizajneri GIS programa često su pomno razmatrali prikaze sadržaja baze prostornih podataka ili rezultata složenih prostornih analiza.
Alati za izradu kartografskih izlaza ili sofisticiranih izvještaja osnova su za mnoge aplikacije. High-end GIS je zapravo samo skup programa i često zahtijeva prilagodbu za određenu aplikaciju. Prilagodba uključuje razvoj Grafičkog korisničkog sučelja (GUI), a također i razvoj specijaliziranih alata u skladu s određenom aplikacijom. Kao što se može očekivati, tako složena programska potpora zahtijeva znatnu potporu učenog osoblja. Veliki korak u razvoju na tržištu GIS programa tokom posljednjih nekoliko godina jest takozvani GIS-ov paket za stono mapiranje.
To se razvilo u skladu sa zaključkom prodavača da svi korisnici prostornih informacija nisu stručnjaci u GIS-u; mnogo ljudi samo želi jednostavne akcije sa skupovima prostornih podataka. Kao što im ime govori, stoni su paketi napravljeni za pokretanje na stonim osobnim računarima koristeći se uglavnom sučeljima temeljenim na prozorima i mišu (windows).

Ovi paketi imaju manje funkcija i napravljeni su ponajprije za jednostavne analize te izradu mapa i grafova. Najveće ograničenje stonih paketa jest teškoća unosa podataka. Na to sad upućuju mnogi tradicionalni opskrbljivači podataka i novi ugledni izdavači. Za nekoliko stotina dolara, ovi su paketi izvrstan uvod u GIS. Izraz poduzetničko računarstvo nedavno je postalo popularno, a koristi se za opis situacije u kojoj svi korisnici, organizacije ili poduzeća imaju pristup središnjem izvoru podataka. U smislu GIS-a, to bi moglo značiti da velika većina korisnika upotrebljava stoni GIS za ispitivanje središnjeg skupa podataka putem mreže. Središnja baza podataka bi se održavala i nadograđivala od strane stručnjaka koristeći se high-end GIS alatima.

Kad razmišljate o GIS programskoj potpori, trebate provjeriti popis napomena:  
Koje su potrebe za hardware-om?
Odgovara li to politici Vaše organizacije?
Imate li već za to osposobljeno osoblje?
Kojim se modelima podataka sistem koristi?
Ima li on analitičke alate potrebne za Vašu aplikaciju?
Hoćete li se moći koristiti Vašim postojećim podacima ili ih transformirati?
Podržava li GIS postojeće sisteme za upravljanje bazama podataka koje se koriste?
Je li lako unositi podatke?
Može li sistem unijeti digitalne podatke iz nacionalne agencije za izradu karata kao što su NTF u Ujedinjenom Kraljevstvu ili SDTS u Sjedinjenim Državama?
Je li lako prilagoditi sistem?
Je li moguće dizajnirati Vaše vlastito sučelje i dodati nove mogućnosti kad se zahtjevi promijene? Možete li to učiniti sami?
Koja je razina  tehničke potpore omogućena?
Postoji li ekipa za tehničku potporu koja se tome posvećuje?
Jamči li ona vremena odziva?

Zapamtite: često je teško poslovati s odjelom za tehničku potporu u drugoj zemlji.
Ko su postojeći korisnici sistema?
Možete li razgovarati s bilo kojom organizacijom sličnom Vašoj koja se već koristi programskom potporom?
Ima li tamo korisničkih skupina?
Može li se sistem uklopiti u Vaš postojeći Informacijski sistem?
Može li se on postaviti u mrežu?
Izrađuje li on datoteke standardnih formata koji se mogu otvarati vašim tekst procesorima, spreadsheet paketima itd.?
Kakvom ste dokumentacijom opskrbljeni?
Je li moguća obuka? Koliko je sistem naklonjen korisniku (user friendly)?
Je li moguća pomoć osjetljiva na kontekst?
Ima li kurseva za obuku?
Koliko koštaju? Naplaćuje li se održavanje?
(Za razliku od programa za automatizaciju ureda kao što su tekst procesori, GIS - djelomično high-end GIS - može biti objekt godišnjeg naplaćivanja za održavanje, koje pokriva podršku i vrlo česte nadogradnje!)